Ciao,
personalmente penso che dipenda da quanto debba crescere la tua applicazione. Di solito per progetti piccoli (forse anche medi) credo che sia più una complicazione che una vantaggio. Se guardi in giro, anche applicazioni commerciali fatte con laravel (ma anche no) è non è frequente questa suddivisione, anche se è sicuramente pulita. Se dovessi scegliere io penserei all'applicativo come se dovesse essere separato (concettualmente) ma non lo farei fisicamente.
Buona giornata.